Сотрудники приносят больничные листы после того, как выходят с больничного. Отсутствие до предоставления больничного листа учитывается документом неявка. Правильно завести больничный лист необходимо, создав его на основании документа неявки, тогда отменять проведение неявки не требуется.
Завести документ можно из подсистемы "Кадры", идем в меню все отсутствия сотрудников и создаем требуемый документ. При этом необходимо выбрать, что при расчете начислений неявка учитывается как отсутствие по болезни.
Продолжение читайте на сайте программиста 1С ЗУП.